В Red будет два протагониста.
Первый основан на истории реального первого темнокожего самурая Ясукэ. Герой игры не станет документальным отображением Ясукэ — его впишут во вселенную Assassin’s Creed. Кроме того, не исключено, что имя тоже поменяют.
Согласно событиям Red, Ясукэ был рабом и плыл на корабле. На корабль напали и убили всех, включая любовь Ясукэ, но сам Ясукэ выжил. Его спасли и привезли в Японию, где он стал самураем под покровительством Оды Нобунаги — ещё одной реальной исторической личности. У настоящего Ясукэ предыстория иная, но он тоже служил Нобунаге.
Второй протагонист Red — Наоэ, девушка, жаждущая отомстить за смерть своего отца. По текущей задумке Наоэ — дочь Фудзибаяси Нагато, одного из легендарных ниндзя в японской истории.
В начале игры Ясукэ и Наоэ враждуют, но затем становятся союзниками, чтобы добиться объединения Японии.
Кроме вышеперечисленных личностей в Red также должны появиться Акэти Мицухидэ, Хаттори Хандзо, Тоётоми Хидэёси, Кодай-ин, Оити, Асикага Ёсиаки, Акэти Кагемицу и другие.