В сентябре 2020 года лидеры церкви — сам Виссарион, а также его помощники Вадим Редькин и Владимир Ведерников были арестованы. Их обвинили в создании религиозной организации, где практиковалось насилие над людьми, а также причинении тяжкого и среднего вреда здоровью двум и более лицам.
По мнению экспертов, доктрины церкви ограничивали права адептов на жизнь, неприкосновенность, защиту семьи и собственность. За отступление от законов общины им угрожали общественным порицанием и изгнанием. По мнению ведомства, всё это вредило психическому здоровью адептов.
У самих «виссарионовцев» были другие версии, почему церковью заинтересовались правоохранители. Первая — это протесты адептов против строительства дороги до Ак-Сугского медного месторождения и золотодобычи в верховьях реки Казыр, где находятся поселения верующих. Вторая — это конфликт интересов общины и московского бизнесмена. Якобы они конкурировали на рынке рубленых дров.
Прокуратура постановила ликвидировать церковь. В 2022 году Красноярский краевой суд требования ведомства удовлетворил. Затем апелляцию рассмотрели в Новосибирске и оставили без изменений.
16 августа 2023 года кассационная инстанция подтвердила законность решения прокуратуры.