Софья отменила смертную казнь за непристойные слова, заменив сие прегрешение ссылкой, теперь женщины, убившие своих мужей, уже не карались страшной смертью — «окапыванием», что означало зарывание виноватой живьем в могилу.
Ужесточилась борьба с произволом местных властей, взятками, поборами. Софья проявила ряд инициатив по оживлению торговли с Западом, развитию промышленности. Особенно это коснулось ткацкого производства. В России стали изготавливать дорогие ткани: бархат, атлас и парчу, которые ранее привозили из-за моря. Для обучения русских мастеров выписывались специалисты-иностранцы.
В 1687 году Софья закончила начатое еще при Федоре по инициативе Симеона Полоцкого дело создания Славяно-Греко-Латинской академии. Ею поощрялось строительство каменных хором в Москве, западные заимствования более удобных бытовых условий жизни, введение «политеса», изучение языков, разного вида искусств.
Удовлетворялась также потребность в широко, по-европейски образованных людях — отпрыски благородных фамилий посылались для обучения за границей. Пошла Софья навстречу своему фавориту и в деле развития школьного образования.
Нельзя было отказать ей и в политическом такте. Так, например, Софья сочла нужным поддержать своего явного недоброжелателя, патриарха Иоакима в его борьбе с расколом. Используя все свое влияние и умение как обольщать, как и устрашать противника, она весьма чутко держала руку на пульсе государства, по возможности гася искры недовольства, распрей, интриганства.
Заметны были успехи и во внешнеполитической сфере. 21 апреля 1686 года был заключен Вечный мир с Польшей. Согласно выговоренным Голицыным условиям Речь Посполитая юридически признала переход Киева к Русскому государству и подтверждала принадлежность ему Левобережной Украины, Смоленских и Северских земель.
Еще одним, крайне важным для России политическим событием стал так называемый Нерчинский договор с Китаем (1689 год), с которым соприкасались границы русских владений в Сибири.
Но были и явные провалы, в конце концов, внесшие свою лепту в крушение Софьи и ее фаворита. Голицын, без сомнения, был на редкость умен и опытен, но, зная свою силу дипломата, совершенно не метил в полководцы. Софья же, ослепленная любовью и желающая видеть на его седеющей голове лавры императора, тем не менее настояла на том, чтобы именно он возглавил злосчастный Крымский поход. К тому же ей со всех сторон твердили, что именно этот человек способен стать гарантом победы.
Для Голицына эта задача была явно не по зубам. Лесть же застлала Софьино сознание, и она не сумела почувствовать, что как раз таким образом недруги Голицына хотели избавиться от слишком авторитетного и влиятельного лица. И владычица клюнула на эту наживку.