Coincide a su vez con otro riesgo que pone en peligro este enclave único que cuenta con el mayor nivel de protección nacional y europeo: la regresión de la costa ante el empuje del océano. La subida del nivel del mar puede provocar una reducción de su superficie.
Un nuevo estudio de la Junta de Andalucía destaca que este fenómeno hará desaparecer hasta 33 playas andaluzas en setenta y cinco años. Entre las que sufrirán mayores pérdidas «serán la playa de Doñana, que perderá 12.500.000 metros cúbicos y la playa de Castilla (Almonte), con una merma de 7.800.000 metros cúbicos». Playas de altísimo valor medioambiental que están en peligro y que obliga a las administraciones a aumentar sus acciones para la protección.
Ya este mismo 2025, la fuerza del agua provocó severos daños en esos arenales que marcan la frontera con el Parque, como es el caso de Matalascañas, donde el temporal destrozó parte del paseo marítimo. No en vano, el Consejo de Participación de Doñana considera una locura que se considere la conocida 'Montaña del río' como un elemento artificial, creado por el hombre, porque es la principal barrera que impide la salinización del parque.